操作經顱多普勒血流分析儀是一項專業的技術，通常由經過培訓的超聲醫生或技師執行。其使用流程大致可分為準備工作、受檢者體位、尋窗探測、數據采集和報告生成幾個步驟。

準備與開機：連接好探頭和電源，啟動設備。輸入受檢者的基本信息。為探頭涂抹足量的耦合劑，以達到超聲波的良好傳導。

受檢者體位：請受檢者取舒適體位，通常為仰臥位或坐位。囑其全身放松，閉目休息片刻，保持平靜呼吸，避免緊張。

選擇聲窗與探頭放置：這是操作的關鍵。顱骨有幾個天然較薄的區域，是超聲波穿透的“窗戶”，主要包括顳窗(耳廓前方)、眼窗(閉合的眼瞼上)和枕窗(后枕部)。操作者需手持2MHz脈沖波探頭，在顳窗區域輕輕移動和調整角度，尋找信號。

探測血管與識別信號：通過深度、角度、血流方向(朝向或背離探頭)和音頻信號的綜合判斷，來識別不同的顱內動脈。例如，在顳窗一定深度探測到流向探頭的血流，可能是大腦中動脈。操作者需根據頻譜形態和聲頻特征來確認血管。

數據采集：一旦找到目標血管并獲得穩定、清晰的頻譜信號，即可凍結圖像，并進行測量。設備會自動計算出各項血流速度參數和指數。對需要評估的每一條主要血管重復此過程。

專業級功能應用：如需進行微栓子檢測或發泡試驗，則需啟動相應模式，進行長時間檢測或配合注射操作。

結束檢查：檢查完畢后，擦拭干凈受檢者皮膚上的耦合劑，并出具檢查報告。整個檢查過程無痛、無創，通常需要20-30分鐘。